Hlavní náplní činnosti je podpora demokratických procesů s cílem zlepšit komunikaci a spolupráci mezi občany a radnicemi, vzbudit zájem občanů o věci veřejné, rozšířit občanské povědomí mladých a vést je k aktivním občanským postojům, podpořit rozvoj demokracie a přispět ke zvýšení politické kultury v ČR i zahraničí.
Byla založena jako české nevládní a neziskové sdružení za podpory dvou holandských partnerů, Stichtung Agora Europa a Institutu pro veřejnost a politiku. V Nizozemí má otevřený dialog a zapojování občanů do veřejného dění tradicí a nezaměnitelné místo. V počátcích své činnosti využívala Agora zkušeností těchto institucí s organizací rozhodovacích procesů za účasti veřejnosti, v současné době již čerpá plně ze svých vlastních zkušeností se zapojováním veřejnosti v České republice a v dalších zemích zejména v jižní a východní Evropě. Od roku 2001 se také zaměřuje na pořádání veřejných debat, neformální občanské vzdělávání středoškolské mládeže a na celkové zlepšování diskusního prostředí v ČR.
Obecně prospěšnou společnost Agora CE byla založena v roce 2007 jako nástupnická organizaci občanského sdružení Agora Central Europe – společnost pro demokracii a kulturu s cílem dosáhnout vyšší transparentnosti organizace. Hospodaření organizace prochází každoročně kontrolou externího auditora.
Agora CE o.p.s je každoročně auditována nezávislým auditorem. Finanční audit je prováděn firmou PTK EU Partners s.r.o.
